Фамилия Пекке — редкий пример, когда географический след говорит больше, чем прозрачная этимология. В первую очередь это фамилия с явными немецкими или скандинавскими корнями, что подтверждается характерным окончанием -е, несвойственным русской модели образования фамилий. В России или на постсоветском пространстве носители Пекке — это, скорее всего, потомки переселенцев из Германии или прибалтийских немцев, которые оседали в Поволжье, Причерноморье или в городах Северо-Запада (Петербург, Прибалтика) в XVIII–XIX веках.

Разобрать основу сложнее, так как фамилия короткая и не имеет очевидного суффикса. Самое правдоподобное объяснение: Пекке восходит к нижненемецкому или скандинавскому прозвищу. В немецком языке слово «Pecke» (или «Päck») могло означать «упаковка», «тюк», но в прозвищах чаще фигурировало в значении «толстяк» или «неповоротливый человек» (по аналогии с тюком). Вторая версия — от глагола «pecken» (клевать, стучать), что давало прозвище мастеровому — столяру, плотнику или тому, кто работал с долотом. В скандинавских языках (швед., норв.) «peke» — «указательный палец», что могло стать прозвищем для человека с заметным жестом или профессией, связанной с указанием (например, проводник, смотритель).

В русском контексте фамилия не могла образоваться от славянской основы — в ней нет ни типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский), ни корня, понятного носителю русского языка. Поэтому все версии ведут к западноевропейскому источнику. Стоит учесть, что в прибалтийских губерниях Российской империи фамилию могли записать как Пекке, Пекк или Пек, а при русификации иногда добавляли окончание -ов (Пеккев), но это скорее исключение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то у немцев встречается Пекк (Peck), Пеккер (Pecker), а у русских — Пеков, Пекин, но они происходят от разных основ (от имени Пётр или от слова «пекло»). Пекке стоит особняком и однозначно указывает на иноземное происхождение предков. География фамилии в современной России узкая: единичные носители живут в Москве, Санкт-Петербурге, Калининградской области, а также в Эстонии и Латвии — это подтверждает балтийско-немецкий след.