Фамилия Пекне — один из тех редких случаев, когда носитель русского языка сразу чувствует: что-то здесь не по-русски. И это верное ощущение. Основа фамилии не славянская, а тюркская или, шире, восточная. Скорее всего, в её основе лежит тюркское слово «пекне» (или близкие по звучанию варианты), которое в разных диалектах могло означать «упрямый», «крепкий», «настойчивый» или даже «господин» (от тюркского «бек»/«бей»). Не исключено, что прозвище Пекне давали человеку с непростым, твёрдым характером — того, кого не переспорить и не согнуть.

Сама фамилия стоит в форме, которая не обработана русскими суффиксами -ов, -ев или -ин. Это указывает на то, что она могла закрепиться в документах в исходном виде, без адаптации. Такое часто случалось на южных и восточных окраинах Российской империи — в казачьих областях, в Поволжье, на Урале или в Сибири, где переселенцы и местные народы активно смешивались, а писарь записывал прозвище так, как услышал. Возможно, предок носителя фамилии был тюркоязычным человеком (татарином, башкиром, казахом), который перешёл на русскую службу или жил в русскоязычной среде, а его прозвище стало родовым именем.

Вторая, менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с диалектным русским глаголом «пекнуть» (ударить, стукнуть) или существительным «пекло» (жар, ад). Однако для образования фамилии это дало бы формы вроде Пекнев или Пеклов. Форма Пекне явно выбивается из стандартной модели, что и делает восточную гипотезу основной.

Географически фамилия Пекне не привязана к какому-то одному региону — это «кочующая» фамилия, которая встречается точечно, чаще всего в среде потомков казачества или крестьян южных губерний. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей, но без детальных архивных выписок утверждать это сложно. Фамилия редкая, и её носители — это, как правило, люди, чьи предки смогли сохранить необычное прозвище в неизменном виде, не подгоняя его под стандартные русские окончания.