Фамилия Пекнин — одна из тех, где прозвище почти наверняка перешло в фамилию через модель «чей?»: Пекня → сын Пекнина. Суффикс -ин указывает на принадлежность, а значит, корень — мужское прозвище или неканоническое имя Пекня.

Что такое «пекня»? Самый прямой путь — к глаголу «печь», «пекти». Пекней в русских говорах могли назвать того, кто постоянно печёт хлеб, работает у печи, или просто любителя жаркого, горячего — например, человека, который вечно торопится, «горит на работе». В некоторых диалектах «пекня» — это ещё и «забота, хлопоты», но прозвище скорее давали по делу, а не по абстрактному понятию.

Есть и вторая версия, менее очевидная, но тоже возможная: «пекня» как вариант слова «пекло», то есть ад, жара. В этом случае прозвище могли дать человеку с крутым, «огненным» нравом. Однако для фамилий чаще работают бытовые, ремесленные корни, чем метафорические, поэтому версия «пекарь» или «человек у печи» выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Она не встречается в старых боярских списках или массовых переписях центральных губерний. Типичный ареал — север и северо-восток России, где распространён суффикс -ин и где диалектное слово «пекня» могло сохраниться дольше. Похожая модель — фамилии Пекшев (от «пекша» — пекарь) или Печников, но Пекнин стоит особняком именно из-за редкой основы.

Если искать однокоренные фамилии, стоит вспомнить Пеклова, Пекур, Пекуров — все они так или иначе связаны с печью, жаром, выпечкой. Пекнин среди них — самый «личный», образованный напрямую от прозвища, без промежуточных суффиксов профессии.

Что касается социального слоя: носители фамилии Пекнин, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей, а не из дворян. Фамилия не попала в «Бархатную книгу» и не фиксируется в родословных росписях. Это типичная «деревенская» фамилия, которая закрепилась за одним родом в конкретной местности, вероятно, на Русском Севере или в Приуралье.