Фамилия Пеконин — редкая и неочевидная для быстрого толкования. Её основа — «Пекона» — не встречается в современных русских именах и прозвищах, поэтому разбирать её стоит через суффикс и возможные искажения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пеконин буквально означает «сын Пекони» или «человек из рода Пекони». Само слово «Пекона» — скорее всего, вариант прозвища или имени, возникшего от глагола «печь» или «пекти». В древнерусском языке «пекона» могло обозначать то, что испечено, — например, хлеб, лепёшку. В таком случае прозвище Пекона давали пекарю, хлебнику или человеку, который постоянно возился с выпечкой. Это одна из самых прямых и правдоподобных версий.

Есть и другой путь: «Пекона» могло быть диалектной или искажённой формой имени «Пека» (от «Пётр» в просторечии, ср. «Пека» как уменьшительное от «Петруха»). В северных и сибирских говорах встречались формы вроде «Пека», «Пеко», откуда легко возникло «Пекона» с наращением -он-. Тогда Пеконин — потомок некоего Пеки, то есть Петра. Версия менее вероятна, потому что от имени Пётр фамилии обычно образуются через Петров, Петухов, Петрунин, а не через столь редкий вариант.

Обратите внимание на географию: фамилия Пеконин почти не встречается в центральных областях России, но изредка фиксируется в архивных записях по Вологодской и Архангельской губерниям. Это регионы, где сохранялись архаичные говоры и где прозвища, связанные с ремёслами (пекарь, хлебник), давали фамилии чаще, чем в столичных землях.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пекарев, Пеков, Печников — подтверждает, что основа «пек-/печ-» в русских фамилиях всегда отсылает к печи, выпечке или пекарю. Пеконин стоит в этом ряду, но с редким суффиксом -он-, который мог возникнуть как прозвищное окончание (ср. Борона — Боронин, Солома — Соломин). Вероятнее всего, первый носитель фамилии был пекарем или жил при пекарне, а его прозвище Пекона закрепилось за потомками.