Фамилия Пеконина — редкий случай, когда географическая привязка может быть важнее этимологии. Если вы встретили эту фамилию, скорее всего, её носители родом из северных или центральных областей России, где суффикс -ин традиционно присоединяли к основам женского рода или к прозвищам, оканчивающимся на -а.

Основа фамилии — «Пекона». Это либо прозвище, либо диалектное слово. В русских говорах «пеконь» или «пеконя» могло означать нечто связанное с печью, жаром или выпечкой: так могли назвать пекаря, истопника или человека, который вечно «горит» на работе. Реже — производное от глагола «печься» (заботиться, тревожиться): прозвище Пекона давали беспокойному, хлопотливому человеку.

Модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пеконина — буквально «дочь или жена Пеконы». В крестьянской среде фамилии на -ин часто фиксировали прозвище главы семьи без изменений, поэтому предок нынешних Пекониных мог носить прозвище Пекона, а его потомков записывали как «Пеконины дети».

Версия о происхождении от канонического имени маловероятна: ни Пётр, ни Прокофий не дают такой формы без натяжек. Спорные гипотезы, выводящие фамилию из финно-угорских языков (например, от «пекка» — гора или холм), не подкреплены устойчивой традицией бытования фамилии в регионах Поволжья или Приуралья.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается единично, чаще всего в Вологодской и Костромской губерниях. Сословно — почти исключительно крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сейчас Пеконина — одна из тех фамилий, которые сохранились в нескольких десятках семей, и её редкость делает каждую ветвь ценной для генеалогии.