Фамилия Паконина звучит на редкость однозначно: суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа «Пакон» — на мужское прозвище или мирское имя. В русской традиции фамилии на -ин образовывались от слов, оканчивающихся на -а/-я, и означали «чей-то сын» или «чей-то человек». Паконина — это буквально «дочь или жена Пакони», но в застывшей форме фамилии сохранилась принадлежность к предку-мужчине, которого звали Пакона.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «паконить» — портить, гадить, делать пакость. В северных и сибирских говорах «пакостник» и «пакона» могли быть синонимами: так называли озорника, вредителя или просто неопрятного человека. Прозвище Пакона давали не обязательно за злой нрав — в крестьянской среде его могли получить за неловкость или склонность к шалостям. Со временем прозвище закрепилось как фамильное имя.

Менее очевидный вариант — связь с именем Пахом (разговорная форма Паконя). В старых документах встречаются случаи, когда Пахома в быту звали Паконей, а отчество или фамилия писались через «к». Однако эта версия слабее: переход «х» в «к» нетипичен для русской фонетики, и примеров такого стяжения мало. Вероятнее, что перед нами именно прозвищная фамилия, а не искажённое каноническое имя.

География фамилии Паконина размыта, но чаще всего она встречается в северных областях — Архангельской, Вологодской, Кировской, а также в Пермском крае. Это согласуется с северорусским диалектным словом «пакона». В XIX веке носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами, то есть лично свободными, но приписанными к общине. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно, что фамилия Паконин (мужской вариант) встречается реже, чем женская форма Паконина. Это объясняется тем, что в переписях и метриках женская форма часто фиксировалась как основная для всей семьи, особенно если хозяйство вела вдова или запись шла по матери. Так что Паконина — не обязательно «женская» фамилия: многие мужчины в документах могли значиться под этим окончанием из-за особенностей местного делопроизводства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пакостев, Пакотин, Пакулин — показывает, что корень «пак-» в русских прозвищах обычно связан с негативной оценкой. Но не стоит видеть в этом проклятие рода: прозвища давали за яркую черту, которая со временем теряла оценочность. Нынешние Паконины — потомки того самого человека, которого в деревне знали как «Пакона», и это всего лишь метка, а не характеристика.