Фамилия Пахонина принадлежит к распространенному типу русских фамилий с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Пахонина — чья-то дочь или жена, то есть происходит от предка, которого звали Пахоня. Сама основа фамилии — прозвище или уменьшительная форма от крестильного имени.

Скорее всего, Пахоня — это производное от имени Пахом. Пахом — древнерусская форма греческого имени Пахомий, означающего «широкоплечий» или «крепкий». В народной речи имя упрощалось: Пахом превращался в Пахоню, а затем и в фамилию. Суффикс -оня типичен для ласкательных или обиходных форм (сравните: Гаврила — Гаврионя, Сидор — Сидоня). Таким образом, Пахонин — буквально «сын Пахони», то есть потомок человека по имени Пахом.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование. В некоторых северных говорах «пахоня» могло означать «пахотный участок» или «пахарь». Если так, то прозвище Пахоня давали крестьянину, обрабатывающему землю. Но в этом случае фамилия была бы редкой и локальной, привязанной к конкретной местности. Первая версия — от имени — встречается чаще и логичнее для русского ономастикона.

Интересная особенность: фамилия Пахонина — женская форма. Мужской вариант — Пахонин. В документах и переписях до XX века женщину записывали по отцу или мужу, поэтому Пахонина — это «дочь Пахонина» или «жена Пахонина». В современном употреблении фамилия не склоняется по полу, но исторически она сохранила именно женское окончание.

Фамилия не слишком частая. Её носители, скорее всего, происходят из центральных или северных областей России, где имя Пахом было популярно в XVI–XVII веках. Среди известных людей с такой фамилией нет громких исторических фигур, что типично для фамилий крестьянского и мещанского сословия — их носители не попадали в дворянские родословные книги, но составляли основу русского населения.