Фамилия Плахонина образована от мужской формы Плахонин, а та — от прозвища или нецерковного имени Плахо́ня. Основа здесь — прилагательное «плохой» в его старом, более широком значении. В древнерусском языке «плохой» означало не только «негодный», но и «простой», «незнатный», «слабый», а иногда и просто «невезучий». Суффикс -оня (Плах-оня) типичен для северных и центральных русских говоров: так образовывали обиходные, часто пренебрежительные или уменьшительные формы имён (вспомните Ти́хоня, Степа́ха — от Степан, но с другим суффиксом). Таким образом, Плахо́ня — это человек, которого в деревне прозвали за бедность, хлипкое здоровье или за то, что он вечно попадал в передряги. Прозвище не обязательно было обидным — в крестьянской среде его могли дать и как оберег, чтобы злые силы обходили «плохого» стороной.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Плахонин буквально означает «сын Плахо́ни» или «человек из семьи Плахо́ни». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а/-я (Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин). Встречается фамилия в основном в центральной России и Поволжье, реже — на севере. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с корнем «Плох-»: например, в переписных книгах Новгородской земли упоминаются Плоховы и Плохие, а Плахонины — более поздняя, суффиксальная форма, закрепившаяся уже в XIX веке.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «плохой» имело также значение «робкий», «застенчивый». Так что предок-Плахо́ня мог быть не неудачником, а тихим и скромным человеком. В любом случае, фамилия не связана с профессией или местом — она чисто прозвищная, описывающая характер или положение человека. Сегодня Плахонина встречается нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родов, разошедшихся по стране в ходе аграрных переселений XIX–XX веков.