Фамилия Плахонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней слышится что-то южное или украинское, но на деле это, скорее всего, русская фамилия, образованная по стандартной модели «-ин» от прозвища или имени, которое не лежит на поверхности.

Основа фамилии — «Плахоня». Это слово могло иметь несколько значений. Самое вероятное: «плахоня» — диалектное, возможно, псковское или тверское, обозначение неуклюжего, нерасторопного человека, «простофили» или «размазни». Корень здесь — «плах-», родственный слову «плаха» (колода, чурбан), то есть прозвище давали по сходству с тяжелым, неповоротливым предметом. Вторая версия, менее распространенная, связывает основу с украинским «плахта» — кусок ткани, одеяло, но тогда прозвище «Плахоня» могло означать человека, который носит такую одежду или торгует ею.

Словообразовательная модель проста: к основе «Плахон-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин», который указывает на «сына Плахони». Это не дворянская, а крестьянская или посадская фамилия — такие «-ин»-фамилии в массе своей закрепились за простыми людьми, особенно на севере и в центральной России. Если верить географической привязке, Плахонины встречаются в основном в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает связь с северными говорами, где слово «плахоня» как раз бытовало.

В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от диалектных прозвищ описаны как типичные для русского ономастикона, но сам корень «плах-» нечастый. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от личного имени Плахо́н, которое является народной формой канонического имени Платон (с усечением и суффиксом «-оня»). В таком случае Плахонин — это «сын Платона», что тоже логично для крестьянской среды, где церковные имена переделывали на свой лад.

Таким образом, перед нами фамилия, которая с равной вероятностью может происходить от прозвища по характеру (неповоротливый человек) или от просторечной формы имени Платон. В любом случае, она относится к числу тех, что возникли в среде простых людей и сохранили в себе живую диалектную речь.