Фамилия Пашонина — это женская форма, а её мужской вариант — Пашонин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и здесь мы имеем дело с типичной отчества-прозвищной моделью. Основа — Пашоня. Это имя или прозвище, скорее всего, происходит от имени Паша (уменьшительная форма от Павел или Пантелеймон) с суффиксом -оня, который придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок. В русских говорах и в быту такие формы были распространены: Пашоня — «маленький Паша» или «ласково Паша». Фамилия, таким образом, буквально означает «чей-то потомок Пашони».

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: Пашоня могло быть прозвищем, образованным от диалектного слова «пашня» — вспаханное поле. В этом случае прозвище дали крестьянину, связанному с земледелием. Однако для русского ономастикона типичнее образование от личного имени, чем от нарицательного с таким суффиксом. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» много примеров, где суффикс -оня присоединяется к основе имени, создавая фамилии вроде Мишонин, Сашонин — Пашонин вписывается в этот ряд.

Географически фамилия Пашонина встречается нечасто, её можно отнести к северным или центральным регионам России, где такие уменьшительные формы были особенно употребительны. В дореволюционных документах носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, так как фамилии на -ин в массе своей закреплялись за простыми сословиями. Сословная принадлежность не всегда прослеживается, но по модели образования Пашонины — потомки человека, которого в быту звали Пашоней, и это имя, скорее всего, дали при крещении в честь святого Павла или Пантелеймона.