Фамилия Папонина — женская форма, а её мужской вариант, Папонин, встречается реже, чем можно было бы ожидать. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Папоня. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно посмотреть на словообразовательную модель.

В русских говорах суффикс -оня (как в Папоня) часто придаёт слову ласкательно-уменьшительный или, наоборот, фамильярный оттенок. Папоня — это, скорее всего, производное от слова «папа» или «папаня» (отец, батюшка). Но не спешите думать, что предок был просто «папенькиным сынком». В крестьянской среде прозвище Папоня могло закрепиться за человеком, который был особенно заботливым отцом, или, напротив, за тем, кто вёл себя по-отечески покровительственно по отношению к младшим. Есть и вторая версия, менее очевидная: Папоня могло быть народной формой крестильного имени Пафнутий (через стадию «Папонтий»). В пользу этой гипотезы говорит то, что в некоторых регионах имя Пафнутий действительно «обрусело» до Папони.

Суффикс -ин в фамилии Папонин указывает на принадлежность: «чей?» — Папонин, то есть сын или потомок Папони. Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для прозвищ, а не для фамилий от канонических имён.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий вроде Папин или Папков, Папонина сохранила редкий суффикс прозвища. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, происходил из семьи, где прозвище Папоня было устойчивым и передалось как родовое имя, а не затерялось среди «Ивановых» и «Петровых».