Фамилия Папонин — редкий случай, когда внешняя простота обманчива. На первый взгляд она напоминает огромный пласт фамилий на -ин, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (Попов → Попа, Путятин → Путята). Но здесь корень не «Поп», а «Папон». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Папонин, то есть сын или потомок Папони.

Самое интересное — основа. В русских говорах слово «папоня» (или «папонка») — ласковое, даже детское обращение к отцу. Оно образовано от «папа» с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -оня, как «мамоня» от «мама». Так что в прямом значении Папонин — это «сын папочки», «батюшкин сынок». Но вряд ли такое прозвище давали взрослому человеку всерьёз. Скорее всего, это либо внутрисемейное прозвище, которое закрепилось за главой дома (его называли Папоней в кругу домашних, и это прозвище перешло к детям), либо ироничное уличное прозвище — излишне нежного, избалованного или, наоборот, заботливого, «отеческого» мужчины.

Версия о происхождении от крестильного имени менее вероятна. В святцах нет имени Папон или Папоний. Можно было бы предположить искажённое «Попонин» (от «попона» — конская попона), но фонетически это неоправданно: замена «о» на «а» под ударением нехарактерна. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для прозвищного происхождения, не привязанного к одному уезду.

Таким образом, Папонин стоит в ряду таких же «родительских» фамилий, как Тятенькин, Мамонин, Батькин. Только если «Батькин» звучит грубо, то «Папонин» сохранил тепло домашнего обращения. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, которого в своей семье или на своей улице ласково, а может, и с усмешкой, называли «папоня» — и это прозвище пережило столетия.