Фамилия Пахонин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к предку. Она буквально означает «сын Пахони» или «потомок Пахони». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Пахоня.

Самый прямой путь к этой основе — уменьшительная форма от крестильного имени Пахомий. В церковном календаре имя Пахомий (греч. Pachomios — «широкоплечий») носил один из основателей монашеской общины. В быту имя сокращали до Пахом, а от него уже образовывали ласкательные варианты: Пахоня, Пахонька. Так что Пахонин — это, скорее всего, потомок человека по имени Пахом, которого в кругу близких звали Пахоней.

Однако стоит рассмотреть и другую версию. В русских говорах слово «пахоня» могло иметь и нарицательное значение. Например, в псковских и тверских диалектах «пахоня» — это «пахотная земля», «нива», а иногда так называли самого пахаря, земледельца. Если прозвище Пахоня закрепилось за крестьянином, который особенно усердно работал на земле, то фамилия Пахонин отражает не имя, а род занятий предка.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пахомов, Пахомин, Пахомовский) показывает, что Пахонин стоит ближе к народной, диалектной форме имени. В то время как Пахомов — это прямая «отчество» от полного канонического имени, Пахонин — более редкий вариант, характерный для северных и центральных губерний России, где уменьшительные формы часто становились основой для фамилий.

Версия с прозвищем от «пахони» (пашни) менее вероятна, но полностью исключать её нельзя: в ономастике известны случаи, когда фамилии образовывались от названий орудий труда или участков земли. Однако большинство исследователей склоняются к тому, что Пахонин — это всё-таки «сын Пахони», то есть Пахома. Сословной привязки у фамилии нет — её могли носить и крестьяне, и мещане, и священнослужители, в зависимости от того, как звали родоначальника.