Фамилия Паханин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или манерой поведения, а не с ремеслом. В её центре — глагол «пахать» в переносном, неземледельческом смысле. В русских говорах «пахать» означало не только вспахивать землю, но и «мести», «подметать», а также — «быстро идти», «нестись», «работать с остервенением». Человека, который ходил широким, размашистым шагом, словно «пахал» ногами, или же работал без передышки, могли прозвать Паханом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Паханин — сын или потомок Пахана.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «пахан» — так в некоторых областях называли отца семейства, хозяина, старшего. В этом случае прозвище носило социальный оттенок: «пахан» — главный, уважаемый (или, наоборот, властный) человек. Однако в пользу «глагольного» происхождения говорит тот факт, что модель образования «основа глагола + -ан» (откуда Пахан) типична для русских прозвищ по действию: Болтан, Дерган, Кричан.

Фамилия редкая и географически размытая. Встречается в центральных областях России и на Урале, но без ярко выраженного «гнезда». Это значит, что предки Паханиных не были массовой крестьянской фамилией в одном селе, а скорее — отдельные семьи, получившие прозвище за индивидуальные черты. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли давать по имени отца, здесь мы видим прямое прозвище, закрепившееся за родом: вашего предка знали не как «сына Пахома», а как самого Пахана — быстрого, неутомимого или властного человека.