Фамилия Пархонина образована от просторечной формы мужского крестильного имени Парфен (Парфений). В основе лежит греческое слово «партэнос» — «девственный, чистый». Однако в народной среде это имя звучало как Пархоня: звук «ф», чуждый славянским языкам, часто заменяли на «х», так что имя приобрело более привычное для русского уха звучание. Потомок человека по имени Пархоня со временем и получил фамилию Пархонина.

Покровителем этого имени считается священномученик Парфений Константинопольский, управлявший византийской церковью в 1656–1657 годах. Его почитание закрепило имя в святцах, хотя в быту оно всё равно обрастало просторечными вариантами.

Существует и менее вероятная гипотеза, что Пархоня — это форма другого крестильного имени, Пахом (Пахомий), которое в переводе с греческого означает «широкоплечий». Но она уступает первой: замена «ф» на «х» в имени Парфен — явление типологически распространённое, а вот переход от Пахома к Пархоне требует дополнительных допущений, поэтому версия с Парфением выглядит убедительнее.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Пархонина — это «дочь или жена Пархони», а Пархонин — «сын Пархони». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, и говорит о том, что родоначальник жил в среде, где фамилии ещё не закрепились как наследственные, — скорее всего, в рабочей или крестьянской среде. Имя Пархоня не было дворянским или книжным, оно бытовало в просторечии, что косвенно указывает на социальные корни основателя рода.