Фамилия Пакон — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа. Скорее всего, перед нами усечённая или искажённая форма другой фамилии, либо прозвище, вышедшее из активного употребления.

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия Пакон образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что она могла возникнуть в среде, где фамилии фиксировались по прозвищу в чистом виде — такое встречается на Украине, в Беларуси или у старообрядцев. Корень «пак-» может восходить к диалектному глаголу «пакать» — в некоторых говорах это означало «бить, колотить» или «пачкать». Отсюда прозвище Пакон мог получить человек неаккуратный, либо, наоборот, драчливый.

Другая версия — фамилия ведёт происхождение от греческого имени Пахомий (в просторечии Паконя). В южнорусских и украинских говорах имя Пахомий нередко сокращали до Паконя, а затем фамилия закрепилась в форме Пакон. Это объясняет, почему у фамилии нет суффикса: прозвище Пакон (от Паконя) напрямую стало фамилией.

Третья, менее вероятная гипотеза — искажение польской фамилии Pakon или Pakun, связанной с названием растения «пакун» (вид плакун-травы). Но для русского уха такое звучание нетипично, и география фамилии (единичные записи в центральных областях России) скорее указывает на местное прозвище или сокращение от канонического имени.

Географически фамилия Пакон встречается редко, преимущественно в Воронежской и Рязанской областях. Это подтверждает версию о диалектном или народно-религиозном происхождении.

Известных носителей с такой фамилией в истории не зафиксировано, что делает её типичным примером «затухающей» фамилии, сохранившейся только в нескольких семьях.