Фамилия Пагон — редкий случай, когда форма слова почти не даёт подсказок о происхождении. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), поэтому сразу ясно: корни у неё нерусские, и в Россию она попала извне. Самое вероятное объяснение — польское или белорусское происхождение.

В польском языке слово «pagon» означает «погон» — наплечный знак различия на военной форме. Фамилия могла закрепиться за солдатом, офицером или портным, который шил мундиры. Прозвище «Погон» давали человеку, который любил щеголять в форме или, наоборот, имел какую-то заметную деталь одежды, напоминавшую погон. В польской ономастике такие фамилии от названий предметов военного обихода встречаются, хотя и не массово.

Вторая версия связана с литовским языком, где «pagonis» — «язычник». Это могло быть прозвище для человека, державшегося старых верований или просто отличавшегося своенравным, «нехристианским» поведением. Литва исторически тесно связана с Польшей и Беларусью, поэтому литовский след для фамилии Пагон тоже возможен.

Третий, менее вероятный вариант — французское «pagan» (язычник) или итальянское «pagano» (то же значение), попавшее в Россию через иностранных специалистов на службе. Но при таком пути фамилия чаще сохраняла бы исходное написание (Паган, Пагани) и не получила бы форму, созвучную славянскому слову «погон».

География фамилии подтверждает западную версию. Пагоны встречаются в Польше, Беларуси, на западе Украины и в приграничных областях России — в Смоленской, Брянской, Псковской. В центральной России и за Уралом фамилия редка. Это типичная «пограничная» фамилия, возникшая в зоне славяно-балтийского контакта.

По сословной принадлежности предки Пагонов скорее всего были мещанами или крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Носители фамилии не оставили заметного следа в истории, и это нормально: большинство фамилий такого типа — просто метки, за которыми стоят ремесленники, солдаты или крестьяне XVII–XIX веков.