Фамилия Пагодин — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает распространённые фамилии на -ин, образованные от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Но основа «Пагод» ставит в тупик: в русском языке нет ни имени, ни слова с таким корнем.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия имеет искусственное, семинарское происхождение. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали новые фамилии, образованные от латинских или греческих слов, а иногда и от церковных терминов. «Пагода» в данном случае — это не восточное культовое сооружение, а искажённое латинское pagus (сельская местность, округ) или pagoda, но в значении, близком к языческому (от лат. paganus — сельский, затем языческий). Воспитанник, получивший такую фамилию, мог быть из крестьян (от pagus) или, в более редком варианте, отличаться склонностью к древним языкам.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим словом «пагос» (холм, возвышенность). В этом случае фамилия могла означать «живущий на холме», но такое прозвище почти не встречается в русской антропонимии, и эта гипотеза остаётся чисто умозрительной.

Словообразовательная модель типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («сын Пагоды»). Если бы фамилия была образована от реального прозвища, то оно должно было звучать как Пагода, но ни в словарях русских прозвищ, ни в исторических документах такое имя не зафиксировано. Это дополнительно подтверждает версию о семинарском происхождении.

Носители фамилии Пагодин встречаются крайне редко, в основном в центральных регионах России. География бытования узкая, что типично для фамилий, возникших в замкнутой среде — например, в стенах одной духовной семинарии. Скорее всего, все Пагодины — потомки одного человека, получившего эту необычную фамилию при поступлении в училище.