Фамилия Пгодин — редкий и неочевидный случай, где привычный суффикс -ин скрывает за собой нестандартную основу. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычку искать корень в глаголах «погодить» или «погода». В русской ономастике фамилия Пгодин почти не встречается, и её появление, скорее всего, связано с местным говором или искажением исходного слова.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Пгода. В некоторых южнорусских и украинских говорах «пгода» могло означать «погода» с утратой безударной гласной, то есть редукцией «о» до нуля звука. Такое стяжение характерно для беглой речи: «погода» произносилась как «пгода». Прозвище Пгода могли дать человеку, который славился умением предсказывать погоду, был метеозависимым или, напротив, никогда не обращал на неё внимания. В этом случае фамилия Пгодин означает «сын (или потомок) Пгоды».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «пгода» в значении «выгода, польза» — от общеславянского «года» (время, срок, удобный случай). Тогда прозвище могло характеризовать удачливого или расчётливого человека. Однако эта версия слабее: в письменных источниках такая форма не зафиксирована, а в словаре В. Даля «пгода» как самостоятельное слово отсутствует.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Пгодин. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Географически фамилия Пгодин, судя по крайней редкости, могла возникнуть в зоне смешения русских и украинских говоров — например, на юге России или в Белгородской, Воронежской областях, где редукция гласных особенно сильна.

В академических словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Пгодин не упоминается, что подтверждает её локальный и, возможно, недавний характер. Фамилия могла возникнуть в XVIII–XIX веках как запись прозвища, которую позже закрепили в документах. Известных носителей с такой фамилией в истории нет — это редкий антропоним, который скорее всего передаётся в одной или нескольких семьях.