Фамилия Паконов — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс. Он не самый частый: -онов, а не -ов. В русской ономастике суффикс -онов обычно указывает на основу, оканчивающуюся на твёрдый согласный, но с беглой гласной или с историческим чередованием. Проще говоря, фамилия Паконов образована не напрямую от имени Пакон, а от более старой формы — прозвища или имени Пакона. Это родительный падеж в значении «сын Паконы» или «из рода Паконы». Суффикс -ин тут был бы логичнее, если бы основа кончалась на -а, но в народной традиции нередко путали модели, и -онов закрепился как вариант.

Корень — пак-. В древнерусском языке слово «пакы» означало «опять, снова», а «пакость» — «вред, порча». Прозвище Пакой или Пако мог получить человек с въедливым характером, тот, кто постоянно придирался или делал всё наоборот. В северных говорах «пакой» называли упрямца. Встречается и версия, что основа восходит к тюркскому «пак» — «чистый, белый», но для русских фамилий это редкий след, скорее исключение. Правдоподобнее выглядит славянская этимология: прозвище давали за манеру поведения, а не за внешность.

Географически фамилия Паконов редкая. В дореволюционных переписях она встречалась в основном в центральных губерниях — Владимирской, Костромской, Нижегородской. Там же фиксировались однокоренные Паковы и Пакины. Носители, судя по сословной принадлежности, были преимущественно крестьянами. В дворянских родословных книгах фамилия не значится. Значит, предки Пакона — скорее всего, землепашцы или ремесленники, получившие прозвище от односельчан за какую-то заметную черту.

Интересная деталь: в некоторых актах XVII века встречается форма «Паконин» — от той же основы, но с другим суффиксом. Это говорит о том, что фамилия долго не была застывшей, и варианты написания могли меняться даже в одной семье. Современная форма Паконов закрепилась, видимо, в XIX веке, когда чиновники при переписях унифицировали фамилии по модели «на -ов».