Фамилия Пасконина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Пасконин. Она образована по стандартной для русских фамилий модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Пасконин — сын Паскони. Само прозвище или нецерковное имя Пасконя — это уменьшительная форма от Павел или Пахомий. В русских говорах имена через суффикс -оня (например, Павлоня, Пахомоня) давали ласковое или бытовое звучание, а со временем они закрепились как прозвища.

Есть и другая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: прозвище Пасконя могло произойти от глагола «паскать» — в некоторых диалектах это значит «пачкать», «грязнить». В таком случае прозвище давали неряшливому или неопрятному человеку. Однако для фамилии более вероятна первая версия, поскольку антропонимические суффиксы -оня чаще образовывались именно от имён, а не от глагольных основ.

Географически фамилия Пасконин и Пасконина встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там же фиксируются однокоренные фамилии — Пасков, Пасконов, Пасконев. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и мещанами, что типично для фамилий на -ин, не принадлежавших дворянским родам.

С точки зрения словообразования, фамилия Пасконина интересна тем, что сохранила редкий суффикс -оня, который в современном русском языке почти не используется для образования имён, но был жив в народной среде до XVIII века. Это делает фамилию своеобразным лингвистическим «свидетелем» живой разговорной традиции, ушедшей из литературного языка.