Фамилия Паколина — редкий случай в русском ономастиконе, где суффикс -ин не указывает на прямую принадлежность отцу, а скорее фиксирует женскую форму фамилии. В современном виде Паколина — это фамилия женщины, а её мужской вариант — Паколин. Но и мужская форма нечаста, что заставляет присмотреться к основе внимательнее.

Корень «Пакол-» может восходить к нескольким источникам. Самое прямое объяснение — от слова «пакола» или «паколина», которое в тверских и псковских говорах означало «палка, кол, дубина». Прозвище Пакола могли дать высокому и худому человеку, которого сравнивали с жердью, или, наоборот, неуклюжему, грубому — «дубине». В этом случае словообразовательная модель проста: прозвище Пакола → Паколин («чей?» — сын или потомок Паколы) → Паколина (женская форма).

Другая, менее очевидная версия — связь с диалектным глаголом «паколить» (колоть, раскалывать, или, в переносном смысле, «паколить языком» — болтать, злословить). Тогда прозвище могло закрепиться за говорливым человеком или за тем, кто занимался колкой дров.

Третий вариант — искажённое крестильное имя. В народной речи имя Поликарп (греч. «многоплодный») могло сокращаться до Паколя или Паколка. В таком случае фамилия Паколин — это патроним от обиходной формы имени, что типично для русской традиции XVIII-XIX веков, когда церковные имена перекраивались на крестьянский лад.

Географически фамилия Паколины встречается в основном в центральных и северо-западных областях России — в Тверской, Новгородской, Псковской, изредка в Вологодской. Это согласуется с ареалом бытования диалектного слова «пакола». Сословное происхождение, скорее всего, крестьянское или мещанское: в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Паколина сохранила редкую основу, которая не стала общеупотребительной. Это не фамилия от профессии (как Кузнецов) и не от распространённого имени (как Иванов), а от прозвища, которое было локальным и ярким.