Фамилия Пачколин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), она явно восходит к прозвищу. Скорее всего, в основе лежит слово «пачкать» — в старых говорах оно означало не только «марать, грязнить», но и «делать кое-как, небрежно». Прозвище Пачколя могли дать неопрятному человеку, неряхе, либо, наоборот, мастеру, который работал быстро, но без особой чистоты — например, маляру или печнику.

Модель образования типична для русского Северо-Востока и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Пачколин). Это «посессивная» форма, характерная для фамилий, образованных от слов на -а, -я: Пачколя → Пачколин, как Пугач → Пугачёв, но в данном случае по «женскому» типу склонения. Встречаются и однокоренные фамилии — Пачков, Пачкин, Пачковский, но Пачколин стоит особняком из-за редкого суффикса -ол- в основе. Этот элемент мог быть диалектным вариантом или уменьшительной формой: «пачколя» — тот, кто постоянно пачкается.

Географически фамилия привязана к центральным и северным регионам России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пачка, Пачко, но форма Пачколин фиксируется позже, в основном в Вятской и Костромской губерниях. Социально это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия — дворянские роды с таким окончанием обычно имели «благородную» основу (князь, боярин), а здесь явно бытовое прозвище.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Пачка (сравните с татарским «пач» — «чистый, честный»), но она слаба, так как суффикс -ин нехарактерен для тюркских заимствований в русской антропонимии. В любом случае, Пачколин — фамилия с прозрачной, хоть и непарадной, этимологией: предок носителя был человеком, чья небрежность или род занятий закрепились в прозвище и перешли в наследственное имя.