Фамилия Пекинин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность к предку по мужской линии. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Пекина, которое, в свою очередь, восходит к слову «пекина». Что это могло быть?

Самое прямое объяснение — от глагола «печь» или существительного «пекарь». Пекиной в старину могли назвать женщину, которая занималась выпечкой хлеба, пирогов или работала в пекарне. Однако фамилии на -ин чаще образуются от мужских прозвищ: Пекиня — так могли прозвать человека, имевшего отношение к печи, например, печника или того, кто постоянно что-то пёк. В говорах встречается слово «пекина» в значении «забота, хлопоты», но эта версия менее вероятна, так как прозвища из абстрактных понятий редки.

Интересна региональная привязка. Фамилия Пекинин встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. В этих краях слово «пекина» могло означать не только пекаршу, но и вид речной рыбы (мелкая плотва или уклейка), которую вялили на печи. Рыболовное прозвище — вполне вероятный источник: Пекиня — человек, ловивший или торговавший такой рыбой.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от основ на -а считается типичной для северных и восточных регионов, где фамилии часто образовывались напрямую от прозвищ без дополнительных суффиксов. Пекинин — яркий пример такого образования.

Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть пекарем, печником или рыбаком, а сама фамилия — редкий случай, когда основа сохранила женскую форму прозвища, но указывает на мужчину-родоначальника.