Фамилия Пенечко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Пётр. По одной из них он образована от имени Пенько – одной из уменьшительной форм имени Пётр (в переводе с древнегреческого – «камень, скала»). Подобные именования нередко встречаются на Руси. Фамилии, образованные от имени Пётр и его производных, входят в десятку самых распространённых в России. Особенно большое распространение оно получило в XVIII веке, когда это имя стали давать в честь императора Петра I. Менее правдоподобно выглядит версия, согласно которой фамилия Пенечко ведёт начало от прозвища Пенечек. Пенечек – уменьшительная форма слова «пень». То есть прозвище Пенечек мог получить человек невысокого роста или с заурядными интеллектуальными способностями.