Фамилия Пенечко звучит по-украински, и суффикс -енко сразу выдает ее происхождение: так в Украине называли сына, потомка или человека, связанного с отцом. В основе, скорее всего, лежит имя Пенько — народная уменьшительная форма крестильного имени Пётр. В переводе с древнегреческого Пётр означает «камень» или «скала», и такие сокращенные формы, как Петро, Петрусь, Петько, Пенько, были обычным делом в разговорной речи. Фамилии, образованные от имени Пётр и его производных, входят в десятку самых распространенных в России, а особый всплеск популярности этого имени пришелся на XVIII век, когда его массово давали в честь императора Петра I.

Менее правдоподобно выглядит версия, что фамилия ведет начало от прозвища Пенечек — уменьшительной формы слова «пень». Такое прозвище могли дать человеку невысокого роста или, в насмешку, тому, кого считали недалеким. Однако эта гипотеза слабее: модель образования фамилий от крестильных имен через уменьшительные формы была куда распространеннее, чем прозвища от предметов, да и сочетание Пенечко с суффиксом -енко указывает на отчество, то есть «сын Пенька», а не «сын Пенечка». Так что если ваш предок носил фамилию Пенечко, с большой долей уверенности можно говорить, что его дальний родственник носил имя Пётр или его обиходный вариант Пенько.