Фамилия Пенклиди звучит на русском слуху непривычно, и это не случайно: её происхождение — греческое. В основе лежит греческая фамилия Пенклидис или Пенглидис, которая образована от имени Пенглис или Пенклис. Само имя, скорее всего, восходит к греческому слову «пенклис» — «пятнистый», «пёстрый». Такое прозвище могли дать человеку с заметными чертами внешности, например, с веснушками или родинками. В греческой ономастике суффикс -идис (-idis) — один из самых распространённых, он означает принадлежность к роду, потомка: Пенклидис — буквально «сын Пенклиса».

На территорию Российской империи фамилия попала вместе с греческими переселенцами. Основные волны пришлись на XVIII–XIX века: греки селились в Причерноморье, Крыму, на юге Украины и в Новороссии. В русской среде окончание -ис закономерно отбросили или русифицировали, так как оно чуждо славянской модели словообразования. Так Пенклидис превратился в Пенклиди — более короткую и удобную для произношения форму, которая сохранила греческий корень, но утратила родовой суффикс.

Иногда фамилию путают с тюркскими или кавказскими из-за созвучия, но это ошибка: ни тюркских, ни славянских корней в ней нет. По сословной принадлежности носители Пенклиди в России — это в основном греческие купцы, ремесленники или моряки, а также греческие семьи, принявшие российское подданство. Встречается и вариант написания Пенглиди — он ближе к греческому произношению, где «г» звучит мягко, почти как «й». В современной России фамилия редкая, её география по-прежнему привязана к южным областям — Краснодарскому краю, Ростовской области, Крыму.