Фамилия Пенкратик — один из тех случаев, когда форма указывает на географию точнее, чем корень. Суффикс -ик в восточнославянских фамилиях почти всегда западноукраинский или белорусский. В русском языке фамилии на -ик редки, а в Польше они, наоборот, массовы. Поэтому носитель Пенкратик с высокой вероятностью происходит с территории современной Западной Украины, юго-востока Польши или западной Беларуси.

Корень фамилии — Пенкрат. Это искажённое или диалектное произношение имени Панкрат (Панкратий). В народной речи начальное «па-» часто переходило в «пе-» под влиянием аканья или местных говоров, а конечное «-ий» отбрасывалось. Имя Панкратий греческого происхождения (Πανκράτιος, от pankrates — «всесильный», «всемогущий»). В святцах оно было известно, но в крестьянской среде XVII–XVIII веков имя Панкрат, Панкратий встречалось нечасто — скорее у горожан или духовенства.

Фамилии на -ик часто образовывались напрямую от имени или прозвища отца: Пенкрат → Пенкратик, то есть «сын Пенкрата» или «маленький Пенкрат» (в уменьшительно-ласкательном смысле). Такая модель характерна для украинской и польской ономастики, где суффикс -ик заменяет русское -ов/-ев или -ин.

Версия о связи с польским словом pęk («пучок», «связка») или pękaty («пузатый», «наполненный») менее вероятна: тогда ожидалась бы фамилия Пенкатик или Пенкат, а корень «Пенкрат» слишком точно совпадает с каноническим именем.

Сословно Пенкратики, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках Российской империи и Речи Посполитой не зафиксировано. Встречаемость фамилии и сегодня остаётся низкой — она почти не вышла за пределы западноукраинского ареала, что подтверждает её локальное происхождение.