Фамилия Пенкрат происходит от имени Пенкрат — одного из вариантов имени Понкрат. Само имя Понкрат — это краткая, обиходная форма полного церковного имени Панкратий, которое восходит к древнегреческому слову «панкратос», то есть «сильнее всех» или «всемогущий». Таким образом, человек, носивший в старину имя Пенкрат или Понкрат, был назван в честь одного из раннехристианских святых, а сама фамилия буквально означает «сын (или потомок) Пенкрата».

Смена гласной в корне — с «о» на «е» — не случайность, а яркая примета говора. В регионах, где было распространено так называемое «еканье», звук «о» после мягких согласных произносили как «е», поэтому Понкрат превращался в Пенкрата. Такая фонетическая особенность характерна для части среднерусских и северных говоров, что позволяет предположить: предки носителей фамилии жили на территории, где господствовал именно этот тип произношения.

Словообразовательная модель здесь простая и древняя: к основе имени добавили нулевой суффикс, то есть фамилия совпала с самим именем. Это типично для раннего пласта русских фамилий, которые закрепились в XV–XVII веках, когда прозвище или обиходное имя отца без изменений переходило к детям. Позже такие формы часто «обрастали» суффиксами -ов или -ин (Пенкратов, Пенкратьев), но вариант без суффикса сохранился как самостоятельная фамилия.

В отличие от более частых фамилий, образованных от полных церковных имен, Пенкрат отражает не книжную, а живую народную традицию. Люди звали друг друга сокращённо, по-домашнему, и именно это сокращение легло в основу родового прозвания. Поэтому фамилия звучит просто и по-крестьянски, хотя за ней стоит имя с торжественным значением «сильнее всех».

Встречается фамилия преимущественно в России, но из-за простоты формы её иногда путают с другими, похожими по звучанию фамилиями, например Понкратов или Панкратов. Однако Пенкрат — самостоятельная фамилия, и её носители могут проследить свою родословную именно к предку, которого в быту звали Пенкратом.