Основой фамилии Пенкина послужило мирское имя Пенка. По одной из них, эта фамилия образована от имени Пенка – краткой просторечной формы мужских имен Пеон (от греческого paionios – «врач, целитель»), либо от Феопент (от греческого theos – «бог» и pempo – «посылать»). Согласно другой гипотезе, эта фамилия восходит к прозвищу Пенка из нарицательного «пенька» - «грубое лубяное волокно, полученное из стеблей конопли». В этом случае Пенкой могли называть того, кто изготовляет пеньку, либо жесткого, неуступчивого человека. Нельзя исключить, что это прозвище дали любителю молочных пенок. Веселовского упоминаются: князь Данила Александрович Ярославский, конец XV в.; князь Иван Васильевич Ухтомский, начало XVI в.; от него — Пенковы; Пенко Иванович Муравьев, губной староста, 1571 г., Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пенка, со временем получил фамилию Пенкина.