Фамилия Пепино звучит для русского уха необычно — и это первый ключ к её происхождению. В отличие от абсолютного большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ин, -ский или -их. Перед нами, скорее всего, фамилия итальянского происхождения, и её разбор стоит начать с географии, а не с морфологии.

В основе фамилии лежит итальянское имя или прозвище Peppino. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Джузеппе (Giuseppe), итальянского аналога Иосифа. В Италии Пепино — распространённое имя, особенно на юге (Сицилия, Кампания, Калабрия). Соответственно, фамилия Пепино образована напрямую от этого имени без дополнительных суффиксов — типичная модель для итальянских фамилий, когда прозвище или имя отца переходит в наследственное фамильное имя без изменений. Буквально это «сын (или потомок) Пепино», хотя формально суффикса родства нет.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с испанским словом pepino, что означает «огурец». В таком случае фамилия могла бы быть прозвищем огородника или человека с какой-то внешней особенностью, но для русского контекста это экзотика. Итальянское происхождение куда правдоподобнее: фамилия могла попасть в Россию через итальянских архитекторов, художников, музыкантов или торговцев, работавших в Российской империи в XVIII–XIX веках. Например, в Петербурге и Москве селились итальянские мастера, и их фамилии иногда русифицировались, но Пепино могла сохранить исходную форму.

В современной России фамилия Пепино встречается редко, в основном на юге и в крупных городах. Носители, как правило, либо потомки итальянских переселенцев, либо люди, получившие фамилию по отцу с таким именем в смешанных браках. Если искать аналоги в русской ономастике, то это случай, близкий к фамилиям вроде Бассано или Росси, — они тоже не подчиняются славянским суффиксальным моделям и хранят память о западноевропейских корнях.