Фамилия Перчемли — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа — не славянское прозвище и не имя, а топоним: село Перчем (или Перчемли) в исторической области Болгарии, в окрестностях современного города Смолян. Суффикс -ли в русской передаче указывает на исходную тюркскую или балканскую модель прилагательного со значением «из такого-то места». В болгарском и турецком ареалах такие фамилии на -ли/-лы массово возникали у переселенцев, указывая, откуда человек родом или где жила его семья.

Морфология проста: корень Перчем- и суффикс -ли. Первая часть — название поселения, которое, в свою очередь, могло восходить к тюркскому «перчем» (чуб, хохол, прядь волос) — так могли назвать место по характерному ландшафту или прозвищу первопоселенца. Но для носителя фамилии важнее другое: Перчемли — это указание на конкретную точку на карте, а не на внешность предка. Фамилия — «выходец из Перчема».

В русском контексте фамилия Перчемли встречается крайне редко и, скорее всего, попала в Россию с волнами переселения из Болгарии или через посредничество греков и гагаузов. В сословном плане её носители могли быть крестьянами, ремесленниками или торговцами, уехавшими из родного села. Других версий — от прозвища «перчем» (чуб) или от греческого «перчем» — почти нет: они не объясняют устойчивый суффикс -ли, который в русских фамилиях нехарактерен для описания внешности.