Фамилия Перчин — редкий случай, когда сразу понятно, от какого слова она произошла, но неочевидно, в каком именно значении. Соблазнительно связать её с пряностью «перец» — и в бытовом сознании это первая версия. Однако суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — «Перчин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Перча. А вот прозвище Перча уже могло быть образовано от «перец» — но не обязательно в кулинарном смысле.

В русской ономастике «перцем» называли человека с острым, язвительным языком, колкого, насмешливого. Такое прозвище фиксируется в источниках: в словаре Веселовского упоминается крестьянин Перча (XV век). Кроме того, «перцем» могли дразнить рыжего или человека с красноватым лицом — по аналогии с цветом красного перца. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «перчить» в значении «бранить, зло шутить» — тогда прозвище могло закрепиться за сварливым человеком.

Фамилия Перчин встречается в основном в центральных и южных регионах России, но не относится к массовым. Её однокоренные «родственники» — Перцов, Перцев, Перечников — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Интересно, что у фамилии Перчин есть и другая, очень редкая версия происхождения: от прозвища Перча, связанного с именем Перфилий (народная форма Порфирий). В этом случае «Перча» — сокращение, а «Перчин» — «внук Перфилия». Эта гипотеза слабее, потому что от имени Перфилий чаще образовывали фамилии Перфильев, Перфилов, а «Перчин» для такой модели нетипичен. Правдоподобнее всё же связь с «перцем» — острым на язык человеком.