Фамилия Перченко чаще всего восходит к уменьшительной форме Перч еврейского мужского имени Перец (Пэрэц), которое переводится с иврита как «прорывающийся». Это имя давалось в библейской традиции в честь одного из сыновей Иуды, и именно от этой основы образована фамилия. Суффикс -енко, характерный для украинской ономастики, указывает на патронимическое происхождение: Перченко — буквально «сын Перча», то есть потомок человека с таким именем.

Менее вероятно, но всё же возможно, что фамилия связана с прозвищем Перч, образованным от нарицательного «перец» — растения, плоды которого имеют специфический острый вкус и употребляются в качестве пряности. В этом случае прозвище могло указывать на род деятельности предка, например, повара, который широко использовал пряности, либо на особенности его характера — вспыльчивого, «горячего» человека. Не исключено также, что прозвище Перч закрепилось за любителем острых блюд и гурманом.

Словообразовательная модель с суффиксом -енко типична для восточноукраинских и южнорусских фамилий, что делает версию о происхождении от личного имени более убедительной: прозвища с уменьшительным суффиксом -ч встречаются реже, чем адаптация библейских имен в народной среде. В пользу первой версии говорит и то, что имя Перец было распространено среди еврейского населения черты оседлости, а фамилии на -енко нередко фиксировались в смешанных регионах современной Украины и Беларуси.

В написании фамилии сохраняется след исходного имени: чередование «ц/ч» (Перец — Перч) — типичный пример народной переработки иноязычного имени в славянской среде. Таким образом, Перченко — это не «перечный» человек, а скорее потомок того, кто носил имя с глубоким библейским смыслом.