Фамилия Перченкова — женская форма мужской фамилии Перченков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Перченок. В основе лежит слово «перец», но не в прямом кулинарном значении, а в переносном: так в русских говорах называли человека с острым языком, язвительного, колкого, «перчёного». Прозвище могло закрепиться за тем, кто любил подпустить шпильку, или за вспыльчивым, «горячим» человеком. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных форм (Перец → Перцев), суффикс -енок (-ёнок) здесь указывает на «малого» носителя признака: Перченок — «сын или потомок того, кого звали Перцем», либо «маленький перец» в уменьшительно-ироничном смысле. Это типичная северо-западная и новгородская модель фамилий, где -енок со временем превратился в -енков: так Перченок стал Перченковым, а его дочь или жена — Перченковой.

Стоит различать две возможные основы. Если фамилия произносится с ударением на первый слог (Пе́рченкова), она почти наверняка восходит к «перцу». Если же ударение падает на второй слог (Перче́нкова), нельзя исключать связь с глаголом «перчить» в значении «бить, хлестать» — такое прозвище могли дать драчуну или человеку с резкими, «бьющими» манерами. В любом случае, корень один, и фамилия не имеет отношения ни к профессии (торговец перцем — это Перцов или Перечников), ни к географическим названиям. География бытования фамилии Перченков — преимущественно южные и центральные области России, где фамилии на -енков встречаются реже, чем на севере, что делает её локально заметной. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «прозвище + -ёнок» описывается как характерная для XVI–XVII веков, так что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу.