Фамилия Пердитохомова — редчайший случай в русской ономастике. Её происхождение почти наверняка не связано с русским языком, а корень уходит в итальянскую или испанскую лексику. Основа «пердито» восходит к латинскому perditus — «потерянный, погибший, пропащий». В итальянском perduto или испанском perdido означает то же самое. Вторая часть «-хомов» — это, скорее всего, искажённое русское ухо или фамилия Хомов, притяжательное от имени Хома (Фома). Таким образом, Пердитохомова могла возникнуть как прозвище-переосмысление: «потерявший Хому» или «пропащий, как Хома». Но более правдоподобно, что это искусственная или канцелярская фамилия, придуманная в духовной или чиновничьей среде.

Словообразовательная модель необычна. Суффикс -ов- (в женском варианте -ова) типичен для русских фамилий, но корень «пердито» — заимствование, которое в крестьянской среде вряд ли бы возникло. Фамилия могла появиться в семинарской среде, где будущим священникам давали «говорящие» фамилии на латыни или греческом. Perditus на латыни — «погибший», то есть «грешник, отчаявшийся». Соединение с «Хомов» могло быть шуткой или намёком на библейского Фому неверующего, который «потерял веру». Однако фамилия не встречается в массовых списках духовенства, что делает версию спорной.

Другая версия — фамилия могла возникнуть как прозвище в средние века, когда через южные земли России или через Польшу проникали итальянские и испанские купцы или наёмники. Прозвище «Пердито» (потерянный, бродяга) могли дать человеку, который потерял родню или пришёл издалека. Затем к этому прозвищу добавили отчество или фамилию матери — Хомова. То есть «Пердито, сын (или дочь) Хомы». Такие гибриды встречаются в пограничных регионах, но письменных подтверждений нет.

География фамилии крайне узкая. По данным современных справочников, Пердитохомовы (в мужском варианте) и Пердитохомовы (женском) почти не встречаются за пределами нескольких сёл в Ростовской области и на юге Воронежской. Это указывает на локальное происхождение, возможно, от одного предка-переселенца. В переписях XIX века фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем появлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии при освобождении от крепостной зависимости. В таких случаях чиновники могли использовать любую услышанную кличку или прозвище.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что «Пердито» — уникальная основа. Есть фамилии Пердов, Пердунов (от глагола «пердеть»), но они звучат и пишутся иначе. Пердитохомова не имеет к ним отношения: корень «перд» здесь не русский, а латинский. Единственная известная параллель — фамилия Пердито, встречающаяся у итальянских евреев и в Южной Америке. В русском контексте она закрепилась благодаря случайному созвучию с обсценной лексикой, что могло стать причиной её редкости: носители могли менять фамилию в советское время.

Таким образом, Пердитохомова — сложная составная фамилия, скорее всего, искусственного или прозвищного происхождения, с латинским корнем «потерянный» и русским патронимом. Её носители — потомки одного локального рода, вероятно, крестьян или мещан юга России, чей предок получил это имя от священника или чиновника. Точных сведений о первом носителе нет, но анализ словообразования и географии указывает на рубеж XIX–XX веков.