Фамилия Пердукова — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности, но её точное значение ускользает. В русском языке слово «перд» или «пердун» исторически обозначало человека, издающего громкие кишечные газы. Однако ономастика редко берёт такие прозвища буквально. Скорее всего, прозвище Пердун давали не за физиологическую особенность, а за манеру речи: говорливого, пустословящего, «пускающего ветер» языком человека. В народной культуре это мог быть болтун, хвастун или тот, кто говорит невпопад — смысл переносился с физического действия на словесное.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Пердун» добавили суффикс -ов-, указывающий на принадлежность (чей сын? — Пердунов), а затем женский вариант Пердукова. Суффикс -ов- — самый распространённый в русских фамилиях, он закрепился за потомками людей с прозвищами и мирскими именами. Здесь нет редких формантов: типичная патронимическая конструкция, которая говорит о том, что предок носителя носил прозвище Пердун.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Пердуковы встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, единичные записи есть в Вологодской и Костромской областях. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется — возможно, из-за неблагозвучности её меняли или записывали иначе (Пердунов, Пердушкин). В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания нет, но модель полностью соответствует разряду «прозвищных» фамилий от физиологических или поведенческих черт.

Стоит учесть версию, что корень мог быть искажён. В некоторых говорах «перд» означало «прыщ» или «нарыв» (сравните с диалектным «пердеть» — пузыриться, лопаться). Тогда прозвище могло относиться к человеку с кожными проблемами. Но эта гипотеза менее убедительна: она не объясняет, почему выбрали именно такую форму, а не, скажем, «Прыщёв». Основная версия — прозвище по речевой или поведенческой черте — остаётся основной.

Социальный статус предков Пердуковых определить сложно. Прозвища такого типа давали в крестьянской и посадской среде, где ценили прямоту и не стеснялись бытовых деталей. В дворянских родах подобные основы не встречаются — там работали другие модели (по географическим названиям, церковным именам). Так что носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или мещан, а сама фамилия — живое свидетельство того, как русский язык фиксировал человеческие качества без прикрас.