Фамилия Пердуков — один из тех случаев, когда исходное прозвище звучит для современного уха грубо, но в прошлом не несло того же оттенка. В её основе лежит глагол «пердеть» — древнее общеславянское слово, означавшее «издавать газы». В дохристианской Руси прозвища, связанные с физиологией, давали без стеснения: они служили оберегами или просто констатировали характерную особенность человека. Такого человека могли прозвать Пердун, а его сын автоматически становился Пердуковым.

Модель образования проста и типична: суффикс -ов присоединялся к прозвищу отца (Пердун), образуя типичную русскую фамилию, отвечающую на вопрос «чей?». Это самая распространённая модель для великорусских фамилий, особенно в центральных и северных губерниях. Интересно, что в некоторых говорах «пердун» могло означать не только человека с метеоризмом, но и, например, болтуна или пустого хвастуна — то есть того, кто «выпускает ветер» в переносном смысле.

Встречается и вариант с суффиксом -ин — Пердукин, но он гораздо реже. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминаются обе формы в ряду «физиологических» прозвищ. С распространением христианства такие имена не исчезли, а перешли в разряд мирских, нецерковных, и закрепились в фамилиях. В XVII–XVIII веках, когда шла массовая фиксация крестьян и посадских людей, подобные прозвища записывали без цензуры — тогда никто не видел в них неприличного смысла.

Географически Пердуковы встречаются преимущественно в центральной России и Поволжье, хотя точных статистических данных по старому расселению нет. Редкость фамилии объясняется тем, что в XIX–XX веках многие носители меняли её на более благозвучные варианты или усекали до Пердуков, чтобы избежать насмешек. Сегодня это одна из тех фамилий, которые наглядно демонстрируют, насколько изменилось восприятие одних и тех же слов за три-четыре века.