Фамилия Пердукин — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сразу вызывает улыбку или недоумение. На самом деле всё проще и прозаичнее, чем кажется. В основе лежит не обсценная лексика, а вполне конкретное физиологическое действие — глагол «пердеть». В древнерусском языке и народных говорах это слово не имело того резко табуированного оттенка, что сегодня, а обозначало естественный процесс, часто становившийся основой для прозвищ. Человека могли прозвать Пердуном за невольную привычку или за то, что он был медлительным, «тугим» на подъём — переносное значение тоже встречалось.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пердукин — буквально «сын Пердуна» или «человек из рода Пердуна». Такая схема (прозвище на -а/-я + -ин) характерна для северных и центральных областей России. Фамилия стоит в одном ряду с более «благозвучными» однокоренными — например, Пердунов, где суффикс -ов встречается чаще на юге страны. Разница только в диалектной или канцелярской традиции записи: где-то закрепилась форма на -ов, где-то на -ин.

Встречаются и более редкие варианты написания — Пердукин мог писаться через букву «т» (Пертукин) или с ударением на второй слог, если предок носил имя Пердука́. Впрочем, основная масса носителей фамилии происходит именно от прозвища Пердун. Сословного барьера у фамилии не было: её могли получить и крестьяне, и посадские люди, и даже мелкие служилые. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются регулярно — в писцовых книгах, ревизских сказках, без намёка на издёвку, просто как отличительный признак.

Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая. С точки зрения ономастики, Пердукин — образец так называемых «физиологических» фамилий, которые в старину давали без злого умысла, по внешнему признаку или привычке. Никакой дополнительной тайны или благородного корня здесь нет: это чисто народное, бытовое имя, которое со временем стало фамилией.