Фамилия Пердюков — из разряда тех, что не лежат на поверхности, но при внимательном разборе открывают вполне конкретную картину. Её основа — глагол «пердеть», который в древнерусском языке и диалектах имел прямое физиологическое значение, без сегодняшнего оттенка грубости. Прозвище Пердюк в народе давали либо человеку с заметным метеоризмом (что в крестьянском быту было скорее медицинским, а не оскорбительным наблюдением), либо, что вероятнее, насмешливо — тому, кто много и попусту болтал, «пускал ветер» языком. Вторая версия встречается в работах по русской ономастике: прозвища, связанные с «пустозвонством», давали говорливым, хвастливым или ненадёжным людям.

Суффикс -юк- в основе Пердюк (а не, скажем, Пердун) характерен для юго-западных русских земель и восточной Украины. В фамилиях на -ов это указывает на то, что прозвище Пердюк принадлежало главе семьи, а его потомки стали Пердюковыми. В северных и центральных губерниях от того же корня чаще образовывали Пердуновы или Пердяевы. Таким образом, фамилия Пердюков — южнорусская или малороссийская по происхождению, с высокой вероятностью из Курской, Воронежской, Харьковской губерний.

Фамилия редкая, в дореволюционных переписях встречается единично. Она не попала в число «благородных» — её носители почти наверняка были крестьянами или однодворцами, то есть людьми, которые не стеснялись прямых прозвищ в обиходе. В советское время, с изменением норм приличия, фамилия могла доставлять неудобства, и часть Пердюков, вероятно, сменила её на более нейтральные варианты — Перовы, Дюковы или Прядкины. Те, кто сохранил фамилию, держатся за редкий маркер своей родословной, уходящей корнями в простую, но живую народную речь.