Фамилия Пертюков — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд, в ней слышится что-то «пёртое» или «перт» — но ни то, ни другое к русским корням прямого отношения не имеет. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, пришедшего из финно-угорской языковой среды.

Словообразовательная модель типична для русского Северо-Запада и Поволжья: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа Пертюк — это, вероятно, уменьшительная форма от карельского, вепсского или коми имени Пертти, которое является местным вариантом христианского имени Пётр. В прибалтийско-финских языках звук «т» смягчается, и Пётр превращается в Пертту, а на русской почве — в Пертюка. Так что Пертюков буквально значит «сын Пертюка», то есть «внук Петра».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «перть» — так в некоторых говорах называли баню или землянку. Тогда Пертюком могли прозвать человека, жившего в такой постройке или топившего бани. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -юк в русских фамилиях редко образуется от нарицательных существительных, а вот от имён — постоянно (сравните: Ванюк, Петюк, Митюк).

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-восточным регионам европейской России: Архангельская, Вологодская области, Карелия, Коми. Встречается и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке. Сословно Пертюковы чаще всего были государственными крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании стоит обратить внимание на букву «ю»: в некоторых старых документах фамилию могли записывать как Пертяков или Пертаков, но форма Пертюков закрепилась именно с этим суффиксом, подчёркивающим уменьшительно-ласкательный оттенок прозвища-предка.