Фамилия Пертин в большинстве случаев — это отчество, образованное от имени Перт. Само имя Перт — редкость, и вокруг его происхождения сложилось две основные версии, которые стоит разобрать по отдельности.

Первая и более правдоподобная гипотеза связывает имя Перт с еврейским мужским именем Пэрэц. В переводе оно означает «прорывающийся», и в Библии это имя носил сын Йегуды и внук Яакова. Краткая форма Пэрэца — Перт — вполне могла бытовать в еврейской среде, а фамилия Пертин, соответственно, указывала бы на потомка человека по имени Перт.

Вторая версия выводит имя Перт из древнегерманского Рупперт. Рупперт — это вариант имени Роберт, которое переводится как «великолепие, блеск». Эта гипотеза подкреплена историческим контекстом: известен Руперт Зальцбургский, епископ и миссионер, основатель Зальцбурга. В 697 году он начал проповедовать в Баварии, обратил в христианство правителя Теодона и сделал своей резиденцией бывшую римскую колонию Ювавум на реке Зальцах. Однако, если допустить связь с Руппертом, фамилия скорее должна была бы звучать как Рупертов или Руппертов. Форма Пертин предполагает, что исходное имя уже бытовало в усечённом виде, что для германских имён в славянской среде нехарактерно. Поэтому версия с Пэрэцем выглядит убедительнее.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пертин — это «сын Перта» или «человек из рода Перта». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на согласный.

Любопытная деталь: фамилия встречается не только в русской, но и в прибалтийской среде. Так, из Сведений ДКНБ РК по Восточно-Казахстанской области известен эстонец Пертин Василий Иванович, родившийся в 1877 году в Лифляндской губернии, Юрьевском уезде, Половской волости. Этот факт показывает, что фамилия не была закреплена за одним этносом и могла возникнуть независимо в разных регионах, в том числе на стыке культур, где имя Перт или его аналоги встречались у разных народов.