Фамилия Пертенко — пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более старые формы на -ович/-евич. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок»: Пертенко — буквально «сын Перта». Само имя Пёрт — это западнорусская или украинская народная форма канонического имени Пётр, где произошло закономерное фонетическое изменение: мягкое «р» в безударном положении дало «р’о», а «ё» на письме передавали через «е».

В украинских говорах имя Пётр нередко звучало как Пёрт, Пирт, Парт — в зависимости от диалекта. Отсюда же пошли фамилии Пертенко, Пертов, Пертюк, Партенко. Интересно, что в польской традиции имя Пётр давало форму Перт (Piert), и фамилия могла возникнуть на пограничных территориях — Волыни, Подолья, Галиции, где смешивались украинские и польские говоры.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Перт — так в некоторых русских говорах называли упрямого или своенравного человека (от диалектного «пертый» — упёртый). Но для фамилии с суффиксом -енко эта гипотеза слабее: в украинской среде прозвища редко становились основой для фамилий на -енко, чаще это были крестильные имена.

Фамилия встречается в основном на территории Украины — в Черкасской, Полтавской, Киевской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. В дореволюционных метрических книгах Пертенко числятся в основном среди казаков и мещан — то есть свободных сословий, а не крепостных крестьян.

Примечательно, что у фамилии нет «двойников» с другим ударением или написанием — она устойчива и не перепутана с похожими Пертюк, Пертченко. Это говорит о том, что родовая ветвь была немногочисленной и не раздробилась на варианты.