Фамилия Пертая — редкая и сразу привлекает внимание необычным окончанием. В русской ономастике подавляющее большинство фамилий заканчивается на -ов, -ев, -ин, -ский или -их. Окончание -ая — типично для прилагательных женского рода, но в качестве фамилии оно встречается редко и почти всегда указывает на украинское или белорусское происхождение. Скорее всего, Пертая — это украинская фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в украинском языке звучало как «Пертий» (мужской род) и перешло в форму прилагательного «Пертая» (жена, дочь Пертия). В русском языке такую фамилию могли «обрусить», заменив окончание на -ов, но она сохранила исходный вид.

Основа фамилии — «перт-». Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «перть» — так в некоторых русских говорах называли парень, баню по-чёрному или дымную избу. Прозвище Пертя могли дать человеку, который жил в бане, топил её или был банщиком. В украинском языке есть слово «перти» — «тереть, напирать», но вряд ли оно легло в основу фамилии: прозвища от глаголов с таким значением редки и обычно имеют другую морфологию.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от имени Перт, которое является краткой формой от канонического имени Петр (через диалектное «Перо», «Перт»). В украинской традиции имя Петро часто сокращали до Пертко, Пертусь, а от «Перт» с помощью суффикса -ай (как в фамилиях Коваль — Ковальчук) образовали прозвище Пертай. Тогда Пертая — это притяжательное прилагательное от Пертай: «чей? — Пертая». Такая модель встречается в западных областях Украины, особенно на Волыни и в Галичине.

Географически фамилия Пертая встречается в основном в Украине и на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне. В метрических книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков она почти не фиксируется — это говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном-двух сёлах. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, поскольку дворянские фамилии с таким окончанием обычно оканчиваются на -ский.

В итоге: фамилия Пертая — украинская по происхождению, образована от прозвища или имени Пертий, Пертай. Значение связано либо с баней (перть), либо с именем Петр. Это не фамилия знатного рода, а бытовое имя, отражающее занятие или прозвище предка.