Фамилия Пердункин — случай, когда бранный или физиологический корень не должен вводить в заблуждение: в русских фамилиях такие основы встречаются чаще, чем принято думать, и почти никогда не указывают на прямое значение. Пердункин образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который в русской антропонимии присоединялся к основам на -а, -я. Исходное прозвище — Пердунка или Пердунко. Пердун — человек, который громко или часто выпускает газы. В крестьянской и посадской среде XV–XVII веков такие прозвища давали не как оскорбление, а как бытовую характеристику, часто с оттенком насмешки или для отличия от однофамильцев. По той же логике появились Пердунов, Пердухин, Пердяев.

Суффикс -к- в основе (Пердунка) мог выполнять уменьшительную или уничижительную роль, но мог и просто оформлять прозвище для удобства склонения. В документах XVII века встречаются люди с прозвищем Пердун, например, в переписных книгах Дмитровского уезда 1678 года упоминается крестьянин Пердунко Григорьев. Фамилия Пердункин, скорее всего, закрепилась в северных или центральных губерниях России, где суффикс -ин был особенно распространён. В южных и западных регионах аналогичная фамилия могла бы звучать как Пердуненко или Пердункевич.

Современному носителю стоит помнить: фамилии такого типа не несут постыдного смысла в историческом контексте. Они фиксировали прозвище, которое в своей среде было нейтральным или даже шутливым. Никаких сведений о дворянских корнях или выдающихся носителях у Пердункина нет — это типичная крестьянская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности, поведению или физиологии. Если сравнивать с однокоренными, то Пердункин — редкий вариант, в отличие от массового Пердунова, что делает её более локальной и, возможно, привязанной к конкретному роду из одного села или уезда.