Фамилия Пердуненко — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, звучит для современного уха комично или грубовато, хотя изначально его смысл был совершенно бытовым и нейтральным. В основе лежит древнерусское или украинское прозвище Пердун, которое не имело отношения к современной физиологии в её вульгарном понимании. В диалектах и старой речи «пердеть» означало «издавать глухой звук, треск, лопаться с шумом» — так могли назвать, например, кузнеца, работающего с мехами, или человека, который громко сморкается, кашляет или даже неуклюже ходит, ломая сухие ветки под ногами. В украинском языке «пердiти» фиксируется и в значении «трещать, лопаться» (о струне, о ткани). Поэтому Пердун — это не про запах, а про звук или действие, которое его сопровождает.

Суффикс -енко указывает на типично украинскую модель образования фамилий, означающую «сын» или «потомок». Пердуненко — буквально «сын Пердуна». Такие фамилии массово закреплялись в среде реестровых казаков, мещан и крестьян Левобережной и Слободской Украины в XVII–XVIII веках. Если ваш предок носил это прозвище, то он, скорее всего, был выходцем из черниговских, полтавских или харьковских земель, где фамилии на -енко встречаются чаще всего.

Интересно, что в русском языке фамилия часто подвергалась «облагораживанию»: при переезде в великорусские губернии или при записи в ревизские сказки концовку могли менять на Пердунов, чтобы избежать неудобных ассоциаций. Поэтому Пердуненко — более архаичная и географически точная форма. Альтернативная, но менее вероятная версия связывает основу с личным именем Пердяй (от глагола «пердеть» в значении «пукать»), которое встречается в древнерусских актах XV–XVI веков как нецерковное имя-оберег — считалось, что такое имя отпугивает злых духов своей неблагообразностью. Однако прозвищная версия (от звукоподражания) надёжнее: слишком много в украинской ономастике фамилий, образованных от физиологических действий (Харкавка, Сопляк, Бздун), и почти все они описывали конкретную черту или занятие, а не служили оберегом.

Сословно фамилия не элитарна: Пердуненко — типичная казацкая или крестьянская фамилия. В документах Российской империи носители встречаются среди государственных крестьян Харьковской губернии и казаков Полтавщины. В XIX веке, с развитием медицины и гигиены, прозвище стало восприниматься как неприличное, и многие потомки пытались его сменить или русифицировать, но на Украине оно сохранилось в исходной форме. Сегодня это редкая фамилия, распространённая в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков эмигрантов первой волны.