Фамилия Пердунова — женская форма фамилии Пердунов. В основе лежит прозвище Пердун, которое в древнерусском языке звучало грубо, но прямо: так называли человека, страдающего метеоризмом или просто не стесняющегося в выражениях. В крестьянской и посадской среде XIV–XVII веков прозвища по физиологическим особенностям были обычным делом — их давали без злого умысла, по-соседски метко.

Суффикс -ун в слове «пердун» — типичный для русских прозвищ, образованных от глаголов (ср. «крикун», «молчун», «ворчун»). Он указывает на деятеля, склонного к действию. От такого прозвища по стандартной модели на -ов/-ев возникла фамилия: Пердун → Пердунов. Суффикс -ов здесь указывает на принадлежность: «сын Пердуна».

В дореволюционных переписях фамилия Пердунов встречается редко, что объяснимо: грубые прозвища часто заменяли при записи в метрические книги на более благозвучные варианты — например, Перфильев или Першин. Однако в некоторых регионах, особенно в северных и сибирских говорах, слово «пердун» могло иметь иное значение — так называли гриб-дождевик («пердунок»). В этом случае прозвище мог получить сборщик грибов или человек, похожий на круглый гриб.

С точки зрения словообразования фамилия Пердунова — типичный пример того, как физиологическая деталь, неудобная для современного уха, становилась основой для фамилии. Сравните с фамилиями Сопляков, Бздюкин, Чихунов: все они образованы по одному принципу и не несли в прошлом оскорбительного смысла — это были прозвища-характеристики, которые закреплялись за родом.