Фамилия Пердуновских — редкий пример, где окончание -их/-ских сохранилось в полной, а не усечённой форме. В современном русском языке такие фамилии обычно застывают в родительном падеже множественного числа и отвечают на вопрос «чьи?»: Пердуновские — это люди из рода Пердуновых. В центральной России и на Севере такие формы встречались чаще, особенно в новгородских и архангельских говорах, но к XIX веку их активно вытесняли фамилии на -ов/-ев. Пердуновских — реликт старой северной модели именования, которая указывала на принадлежность к семье или целому роду.

Основа фамилии — прозвище Пердун. На первый взгляд оно связано с физиологическим процессом, но в народной культуре такие прозвища не обязательно носили грубый или оскорбительный характер. Чаще всего их давали людям с громким голосом, шумным нравом или тем, кто любил громко смеяться, кричать, петь — то есть издавал звуки, напоминавшие «пердение». В некоторых говорах «пердун» могло означать ворчуна, брюзгу, человека, который постоянно недоволен и «выпускает пар» в переносном смысле. Возможна и связь с диалектным глаголом «пердеть» в значении «пускать ветры», но в бытовой ономастике такие прозвища часто становились внутрисемейными и не воспринимались как табуированные.

Встречается фамилия крайне редко. По данным открытых источников, основные носители сосредоточены в Пермском крае и Кировской области — регионах, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне с русского Севера. Именно там фамилии на -ских/-цких (вроде Пердуновских, Шестаковских, Гагаринских) сохранялись дольше всего. Сословно это почти наверняка крестьянская или однодворческая фамилия: дворяне редко носили прозвища с такой откровенной семантикой, а духовенство, которое часто меняло фамилии на благозвучные, эту форму не использовало.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Пердун → отчество Пердунов (сын Пердуна) → фамилия Пердуновских (из рода Пердуновых). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Пердуно́вских. В некоторых говорах могло смещаться на окончание, но литературная норма для фамилий на -ских — ударение на основе. Омонимичных фамилий с другим корнем нет, но встречаются однокоренные Пердунов, Пердуновский — они образованы по той же модели, но с разными суффиксами.