Фамилия Пердунько звучит комично, но за ней стоит обычная для украинской ономастики модель. Это типичная фамилия на -ко, которая в XVI–XVIII веках была распространена на землях современной Украины и юга России. Суффикс -к- в украинских фамилиях часто выполнял уменьшительную или уничижительную функцию, а окончание -о — характерный признак украинской грамматики среднего рода (как у слов «пальто», «село»). Таким образом, Пердунько — это «маленький пердун» или «сын пердуна».

Основа фамилии — глагол «пердеть» (общеславянский, звукоподражательный по происхождению). Прозвище Пердун в народе давали не обязательно тому, кто страдал метеоризмом. В говорах это слово могло означать ворчливого, брюзгливого человека, который «выпускает пар» в переносном смысле. Или, наоборот, — шумного, бесцеремонного. В некоторых диалектах «пердун» — название гриба-дождевика, который при созревании лопается с пылью. Так могли прозвать сборщика грибов или человека с пышной шевелюрой.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским областям — Волыни, Подолью, Галичине. Встречается и в Польше (Perduńko). В России Пердунько редка, чаще фиксируется в вариантах Пердунов, Пердуненко. Сословного барьера у неё не было: прозвище мог получить и крестьянин, и казак, и мещанин. В реестрах запорожских казаков XVII века встречаются прозвища с корнем «перд-», что указывает на бытовую, неофициальную среду возникновения.

Спорных версий немного. Есть гипотеза, что основа могла быть искажением от «Пардун» (название дикой кошки, рыси в старопольском), но это маловероятно: звуковой переход «а» в «е» нехарактерен, а семантика слишком экзотична для массового прозвища. Правдоподобнее всего — обычное физиологическое прозвище, которое со временем утратило оскорбительный оттенок и стало фамилией.