Фамилия Пердуньков — редкий пример, где прозвищная основа сохранилась почти без смягчения. В отличие от более привычных Пердунов или Пердунков, форма на -ьков указывает на прилагательное с суффиксом -ск-: Пердуньков — это стяжённый вариант от Пердуньковский. Такие фамилии обычно возникали у крестьян или однодворцев, когда в официальных документах «урезали» длинные окончания, чтобы запись укладывалась в строку.

В основе лежит прозвище Пердун. В русских говорах «пердун» — не просто человек с метеоризмом. Слово имело и переносные значения: так могли назвать болтуна, пустомелю, лгуна или хвастуна. В вятских и пермских говорах «пердун» — ещё и вид гриба-дождевика, который при созревании лопается с пылью. Вполне вероятно, что прозвище закрепилось за человеком, собиравшим или торговавшим этими грибами.

Словообразовательная модель проста: корень перд- (звукоподражательный, общеславянский), суффикс -ун- (образует названия лиц по действию), типичный для русских прозвищ (ср. Болтун, Ворчун). Затем притяжательный суффикс -ов- и стяжённый -ск- в виде -ьк-. Фамилия могла быть дана в XVII–XVIII веках, когда активно шло закрепление прозвищ за семьями.

Географически фамилия тяготеет к северо-восточным областям России — Вологодской, Архангельской, Кировской. В этих краях слово «пердун» в значении «гриб» было широко распространено, а прозвища с телесной семантикой не считались оскорбительными — их давали по реальным свойствам человека.

По сословию носители Пердуньковых — скорее всего, государственные крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не встречается. В советских паспортных столах фамилию могли «облагородить» до Пердунов, но форма на -ьков сохранила исходное прозвище без изменений.

Споров вокруг происхождения почти нет: все версии сходятся на том, что основа — прозвище, а не имя или профессия. Альтернативные гипотезы (от тюркского «перд» — «занавес» или от немецкого «Pfarrdun» — «церковный служитель») лингвистически несостоятельны и не подтверждаются ни одним серьёзным исследователем.