Фамилия Пердунко звучит необычно и даже вызывающе, но её происхождение куда прозаичнее, чем может показаться. Это типичная украинская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -енко, который в украинской традиции означает «сын» или «потомок» (аналогично русским -ов/-ев). Получается, Пердунко — это «сын Пердуна». Основа фамилии — прозвище Пердун, которое в старину давали человеку с характерной физиологической особенностью, а именно — метеоризмом. Прозвище было не столько оскорбительным, сколько описательным, как и многие другие «телесные» прозвища (например, Храпун, Сопляк, Зубан). В крестьянской среде, где фамилии часто возникали из бытовых наблюдений, такие прозвища закреплялись за людьми без злого умысла — просто как яркая примета.

Слово «пердун» общеславянское, восходит к глаголу «пердеть» (звукоподражательного происхождения). В украинских говорах оно могло бытовать как в прямом, так и в переносном смысле: так иногда называли ворчуна, брюзгу или человека, который говорит ерунду. Однако в подавляющем большинстве случаев прозвище было именно физиологическим. В словаре украинских фамилий Ю. К. Редько подобные образования (типа Пердун, Пердуненко, Пердунко) фиксируются как редкие, но не аномальные — они стоят в одном ряду с фамилиями типа Сопливченко или Хропуненко.

Географически фамилия Пердунко встречается почти исключительно на территории Украины, особенно в центральных и восточных областях — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России и Беларуси она редка, так как суффикс -енко — маркер украинского происхождения. Интересно, что в XIX веке, при переписях и ревизских сказках, такие «неблагозвучные» фамилии иногда пытались исправить или заменить, но Пердунко, судя по архивным данным, сохранилась без изменений — вероятно, потому что её носители жили в глухих сёлах, где чиновники не обращали внимания на звучание.

Социально фамилия Пердунко, скорее всего, принадлежала крестьянскому сословию — казакам или посполитым (свободным крестьянам). Дворяне и духовенство таких прозвищ не носили. Если ваши предки — Пердунко, то с высокой вероятностью они были земледельцами или мелкими ремесленниками в левобережной Украине. Никакого тайного смысла или иноязычного заимствования здесь нет: это честная бытовая фамилия, которая прямо говорит о том, за что предок получил своё прозвище.